De l’arrivée de Sergio Conceiçäo à la dernière journée, Nantes se classe 6e du classement avec 11 victoires, 5 nuls et seulement 6 défaites. Le 13 juin, le FC Nantes annonce l’arrivée d’un nouvel entraîneur portugais, Miguel Cardoso, pour remplacer Ranieri. Après avoir gagné son premier match face à Angers 3-1, le FC Nantes de Kombouaré fait l’exploit en s’imposant au Parc des princes 2-1, après avoir pourtant été mené 1-0 à la mi-temps. La saison suivante débute de bien meilleure manière : en effet, à la trêve de Noël, les Canaris de Kombouaré occupent la 7e place. En effet, les résultats ne sont pas au rendez-vous, et le club nantais se retrouve relégable après la 7e journée. La saison 2007-2008 est plus délicate, le club faisant face à un gros déficit en attaque, les résultats sont plus mitigés. Le club juventino finit son année 1905 en beauté en remportant en plus la Coppa Luigi Bozino (qu’elle remporte également l’année suivante). Le 13 mars, la saison de Ligue 1 est suspendue en raison de la pandémie de COVID-19 avant qu’elle ne soit annulée le 28 avril par le gouvernement, à 10 matchs de la fin. L’ère Der Zakarian (2012-2016) aura été marquée par une remontée, et trois maintiens successifs.
Celui-ci, en guise de réponse, empêchera Der Zakarian de faire ses adieux à la tribune Loire en mettant le son de la sonorisation du stade au maximum lors du tour d’honneur traditionnel des joueurs et du staff après le dernier match à la Beaujoire face à Caen (ultime défaite à domicile pour les jaunes 1-2). Une attitude qui créera une vive polémique, et dont la direction démentira par la suite en être la responsable. À la suite de 15 journées à l’issue desquelles le FC Nantes se retrouve 19e et une ultime défaite à la Beaujoire 6-0 contre l’Olympique lyonnais, René Girard est limogé par le club. En Europe, le club atteint les demi-finales de la Coupe d’Europe des vainqueurs de coupes, étant éliminé par le champion, le Hambourg SV, revenu de son 3-1 concédé au match aller. L’équipe ne parvient pas à maintenir la qualité de jeu de la première partie, l’assise défensive étant moins solide. Le style de jeu défensif reposant sur les contre-attaques semble porter ses fruits. ↑ Michel Ébé, « Le jeu « à la nantaise », c’est quoi ? Le 2 octobre, Miguel Cardoso est remercié par le FC Nantes et remplacé par l’ancienne légende nantaise Vahid Halilhodžić.
Mais son arrivée ne fait qu’empirer les choses au FC Nantes qui se retrouve 18e, et au bout de 7 matchs et aucune victoire, Domenech est remplacé par Antoine Kombouaré, 4e entraineur de la saison en comptant l’intérim de Patrick Collot en décembre. Son premier match contre Montpellier, le 13 décembre 2016, concernant les huitièmes de finale de la Coupe de la Ligue, s’achève avec une victoire 3-1, près de 10 mois après les derniers trois buts du FC Nantes à la Beaujoire (contre le Gazéléc Ajaccio). Cela sera confirmé après une nouvelle défaite face à Lille à la Beaujoire (3-0) quelques semaines plus tard. Il est remplacé par Christian Gourcuff, qui réussit un bon début de saison, puisque le 25 septembre, Nantes remporte enfin un derby à la Beaujoire face à Rennes, et se retrouve sur le podium. Par la suite, un article est publié avec plusieurs photos et tous les détails que nous avons sur chaque maillot de ces clubs de foot. L’OM fait partie des clubs ayant joué la saison inaugurale 1932-1933 et qui évoluent encore en Ligue 1 aujourd’hui. Il prend cependant de plus en plus d’importance, notamment depuis la montée de Nantes en Ligue 1 en 2013, les supporters le considérant comme le match de la saison à absolument gagner.
C’est la première fois au XXIe siècle que Nantes s’impose au Parc des Princes dans une rencontre de Ligue 1. Mais malgré 4 victoires lors des 5 derniers matchs, le FC Nantes termine 18e après une défaite 2-1 face à Montpellier lors de la dernière journée et doit jouer un barrage pour le maintien face au Toulouse FC. Les Canaris s’imposeront au match aller 2-1 à l’extérieur, ce qui leur permettra de se maintenir malgré la défaite 1-0 au match retour. Les Canaris empochent leur premier titre depuis 22 ans en remportant la 4e Coupe de France de leur histoire, en battant l’OGC Nice 1-0, le 7 mai 2022 au Stade de France, grâce à un but de Ludovic Blas. Le 6 janvier 2005, le conseil de surveillance du club désigne Pape Diouf en qualité de président du directoire du club grâce à l’intervention de Louis Acariès, chargé par Robert Louis-Dreyfus de trouver un successeur à Christophe Bouchet à la tête de l’OM. ». Il souhaite bénéficier du projet d’organisation de l’Euro 2016 par la France pour augmenter la capacité, maillot liverpool 2023 notamment en loges. Le FCN lance également le projet YelloPark visant à construire un nouveau stade entouré de nouvelles infrastructures pour le club.
